Смартфон Huawei Nova 9 SE с интерфейсом EMUI 12 выполнен в комбинированном корпусе из пластика и стекла цвета «голубой кристалл», на борту которого расположено 8 Гб ОЗУ и 128 Гб встроенной памяти.
Закругленный экран модели диагональю 6,78 дюйма представлен TFT LCD-матрицей разрешением FHD+ (2388х1080 пикселей) с поддержкой функции Always On Display. За работу смартфона отвечает процессор Qualcomm Snapdragon 680 с восемью ядрами — четыре из них работают при частоте 2,4 ГГц и оставшиеся четыре — при частоте 1,9 ГГц. Обработка графики осуществляется графическим процессором Adreno 610.
Модель отличается четырехмодульной основной камерой, в состав которой входит модуль с разрешением 108 Мп, позволяющий фотографировать в разрешении до 12000х9000 пикселей, ультраширокий модуль на 8 Мп, модуль на 2 Мп с возможностью измерения глубины резкости и макромодуль разрешением 2 Мп. Основная камера поддерживает съемку с участием искусственного интеллекта, в условиях низкой освещенности, портретном режиме, макро режиме и в режиме панорамы. Фронтальная камера представлена модулем на 16 Мп с возможность съемки видео в разрешении до 1920х1080 пикселей, которое зависит от выбранного режима работы камеры.
За автономность смартфона отвечает аккумулятор емкостью 4000 мА*ч, который поддерживает функцию быстрой зарядки от комплектного блока Huawei SuperCharge мощностью 66 Вт. Для связи и выхода в интернет используется комбинированный слот на две SIM-карты формата nano-SIM с поддержкой стандартов 4G TDD LTE и модуль Wi-Fi, дополнительно есть Bluetooth версии 5.0, NFC для бесконтактной оплаты и датчики GPS и ГЛОНАСС. Размер смартфона — 164,64х75,55х7,94 мм при весе 191 г.